Księgozbiór naukowy Biblioteki gromadzony jest od 1907 roku, kiedy cenne zbiory po Hieronimie Łopacińskim przejęło i zabezpieczyło Towarzystwo Biblioteki Publicznej im. H. Łopacińskiego, tworząc zaczątek przyszłej biblioteki publicznej. Przez szereg lat zbiory wzbogacane były zasobami o różnorodnej proweniencji szczególnie w drodze darów.

Z większych kolekcji należy wymienić zbiory:
– księgozbiór Chełmski (zbiory byłego seminarium prawosławnego w Chełmie),
– zbiory biblioteki byłego Gimnazjum Lubelskiego,
– księgozbiór rodziny Kraszewskich,
– księgozbiór Gustawa Wiercieńskiego,
– część zbiorów po Andrzeju Koźmianie,
– część biblioteki Bolesława Prusa,
– księgozbiór Hieronima Łopacińskiego i wiele pomniejszych kolekcji.

Zgodnie z tradycyjnym charakterem zbiorów, w Bibliotece są gromadzone przede wszystkim w szerokim wyborze wydawnictwa o tematyce humanistycznej i społecznej, a także podstawowe dzieła z różnych dziedzin wiedzy. Księgozbiór prezentuje wysoką wartość historyczną, naukową i kulturalną. Znaczną jego część stanowią wydawnictwa obcojęzyczne.

Pozycje z księgozbioru naukowego udostępniane są:

– zarejestrowane w katalogu komputerowym z zapisem:
Magazyn W / dostępne w: Wypożyczalnia – w Wypożyczalni,

– zarejestrowane w katalogu kartkowym, lub w komputerowym z zapisem:
Magazyn / dostępne w: Czytelnia Naukowa – w Czytelni Naukowej.